まず、コントロールパネルよりMicroStationを選択してアンインストールを行います。

後は、下記場所にMicroStationと関連するフォルダを削除します。
C:\Program Files\Bentley
C:\Program Files (x86)\Bentley
C:\Program Files (x86)\Common Files\Bentley Shared
C:\ProgramData\Bentley
C:\Users\firstname.lastname\AppData\Local\Bentley
C:\Users\ firstname.lastname\AppData\Roaming\Bentley

PCを再起動する場合があります。