【現象】
MicroStationにて設定値の保存が正常に動作しないようになってしまいました。

1週間ほどユーザーを変えて使用していたのですが、
現在どちらのアカウントでも設定値の保存がされなくなりました。
デザインファイル自体には問題なく、どちらのユーザーでも保存できています。

【解決策】
MicroStationを初期状態に戻して、
設定値の保存が正常に行われるようになりました。

MicroStationを初期状態に戻す方法についてこのWikiを参照ください。